La Academia Militar del Imperio Barsburg es conocida por entrenar a las élites que traen la victoria al imperio. Los estudiantes de la academia utilizan libremente una habilidad llamada "Zaiphon" para luchar, mientras que los tipos de Zaiphon utilizables dependen de la naturaleza del soldado.

Teito Klein, un estudiante de la academia, es uno de los soldados más prometedores producidos. Aunque ridiculizado por todos por ser un sklave (alemán para esclavos) sin recuerdos de su pasado, se hace amigo de un compañero de estudios llamado Mikage. Mientras se prepara para el examen final, Teito descubre un oscuro secreto relacionado con su pasado. Cuando falla un intento de asesinar a Ayanami, un funcionario de alto rango que mató a su padre, Teito queda encerrado en espera de castigo.

Solo queriendo lo mejor para Teito, Mikage lo ayuda a escapar. Teito termina en la Iglesia del Séptimo Distrito donde los obispos lo acogen. Es aquí donde Teito intenta evadir el alcance de Ayanami y los militares, para poder redescubrir sus recuerdos y aprender por qué él es la persona que puede cambiar el destino del mundo.