Los estudiantes vuelven a la escuela para el segundo semestre. Tras sus hazañas en la isla durante las vacaciones de verano, la clase 3-E sigue afilando sus espadas con la vista puesta en su profesor, el escurridizo Koro-sensei. Sin embargo, tienen que preocuparse de algo más que de su profesor, ya que los asesinos enemigos, tanto los antiguos como los nuevos, van a por el aumento de la recompensa por la cabeza del pulpo. Además, sus rivales de la clase A, así como el temible director del instituto Kunugigaoka, se oponen a que la clase E alcance la excelencia académica. Con todos estos obstáculos en su contra, el grupo deberá seguir trabajando unido para vencer a sus enemigos y lograr su objetivo de asesinar con éxito a su profesor.