Black Jack es un médico "no registrado" con un pasado nublado y misterioso. Trabaja con su pequeño ayudante Pinoko (que está muy enamorado del doctor), tratando casos médicos no muy conocidos, que pueden ser extraños, peligrosos, o no conocidos en absoluto. Pero es un genio, y puede salvar casi cualquier parte de la vida de sus pacientes (siempre y cuando tengan el dinero para ello), y es conocido por muchos en todo el mundo, especialmente por los de medicina y ciencia. Él mismo es un hombre de ciencia, y no cree mucho hasta que lo ha visto, pero muchas veces se sorprende por el amor y la naturaleza que a menudo domina a la ciencia en la que basa su vida.