Shidou Itsuka continúa su búsqueda de Ratatoskr para encontrar Espíritus e intentar sellar sus poderes, mientras mantiene sus relaciones con los que ya había sellado. Además, a medida que aparecen nuevos Espíritus, debe someterse a pruebas más complicadas, todo ello para poner fin a nuevos desastres a medida que descubre más sobre el origen de los Espíritus.