Décadas más tarde, la humanidad está bajo asedio por una raza alienígena conocida como los Novas. Estos seres inhumanos dejan una estela de devastación cada vez que aparecen, y los esfuerzos por evitar que se conozcan como "Choques de Novas". A las jóvenes mujeres conocidas como "Pandoras" y a los hombres jóvenes conocidos como "Limitadores" se les implantan estigmas para darles poderes sobrehumanos y se les entrena en academias militares, donde deben aprender a trabajar juntos si la humanidad quiere tener una oportunidad de sobrevivir. Freezing cuenta la historia de Kazuya Aoi cuando sale para su primer día en la academia militar de West Genetics, justo cuando una batalla real está siendo emprendida por los Pandoras. Es aquí donde confunde a Satellizer el Bridget -una poderosa Pandora conocida como la "Reina Intocable"- con su hermana fallecida y la abraza. Aunque le cuesta el combate, ella descubre que su toque no la aleja y decide tomarlo como su limitador. La única pregunta es si su pareja puede sobrevivir a las maquinaciones de sus superiores y a la inminente batalla con los Novas...