Hace años, todos los fantasmas de una escuela embrujada fueron desterrados por cierto estudiante. Ahora, han vuelto y quieren venganza... Satsuki y Keiichirou Miyanoshita son dos hermanos que se recuperan de la trágica pérdida de su madre. Después de mudarse al pueblo natal de su madre, se enteran de que la escuela local a la que se han trasladado es un edificio antiguo, que se dice que está embrujado. A pesar de que al principio lo calificaron como un rumor tonto, los dos pronto descubren que los fantasmas son realmente reales y que van tras ellos. Gakkou no Kaidan es el espeluznante relato de las vidas de estos hermanos y sus nuevos amigos que tratan de sobrevivir a los fantasmas de la escuela, con un poco de ayuda de su gato mascota en el camino.