El estudiante de secundaria y jugador Suigin Riku asiste a la prestigiosa Academia Privada Shinryou, una escuela para la élite y los hijos de los ricos. Pero rico o acomodado no son palabras que describan a Suigin; de hecho, es totalmente pobre y debe realizar muchos trabajos a tiempo parcial para pagar su matrícula. Durante uno de esos trabajos, se sumerge en una piscina para salvar a su gato, consciente de que no sabe nadar. Por suerte, le salva Rei Riku, la bella y popular hija de un desarrollador de juegos, y se enamora de ella. También se siente atraído por otra chica: una nueva amiga que conoce en Dungeon Century, su juego de rol online favorito. Pero cuando el juego está programado para cerrar, él sabe que sus aventuras con ella pronto terminarán. Sin embargo, al día siguiente del cierre del juego, descubre que Rei y la chica online son la misma. Poco después, Rei le da a Suigin un nuevo juego destinado a sustituir a Dungeon Century: un juego de asalto a tumbas llamado Grave Buster. Pero cuando Rei es secuestrada de repente, Suigin se ve arrastrado al interior de Grave Buster para salvarla. Gin no Guardian sigue a Suigin mientras juega a Grave Buster para salvar a Rei, mientras descubre los secretos que esconde el juego.