Después de un año de pausa, Shinpachi Shimura regresa a Edo, sólo para tropezar con una sorprendente sorpresa: Gintoki y Kagura, sus compañeros de Yorozuya, se han convertido en personajes completamente diferentes! Huyendo del cuartel general de Yorozuya confundido, Shinpachi encuentra que todos los habitantes de Edo han sufrido cambios imposibles y extremos, tanto en su apariencia como en su personalidad. Increíblemente, su hermana Otae se ha casado con el jefe de los Shinsengumi y acosador sinvergüenza Isao Kondou y está embarazada de su primer hijo.

Desconcertado, Shinpachi acepta unirse a los Shinsengumi a petición de Otae y Kondou y encuentra transformaciones aún más sorprendentes tanto dentro como fuera de las filas de la organización. Sin embargo, al descubrir que el Vice Jefe Toushirou Hijikata no ha cambiado, Shinpachi y su improbable aliado Shinsengumi se dispusieron a devolver a la ciudad de Edo la forma en que la recordaban.

Con aún más chistes sucios, parodias sinvergüenzas y referencias descaradas, Gintama' sigue al equipo de Yorozuya a través de más de sus desventuras en el mundo vibrante y lleno de extraterrestres de Edo.