Mahiro Yasaka es sólo un estudiante de secundaria ordinario, hasta que un día es atacado repentinamente por un peligroso monstruo. Justo cuando parece que todo está perdido, es salvado por una chica de pelo plateado llamada Nyaruko, que afirma ser la deidad cambiante Nyarlathotep del autor de horror H. P. Lovecraft's Cthulhu Mythos, enviado por la Agencia de Defensa Espacial a la Tierra. Le explica a Mahiro que la criatura que lo perseguía era un alienígena llamado Nightgaunt, que había planeado secuestrarlo y venderlo como esclavo. Después de rescatarlo del alienígena, la deidad lovecraftiana se enamora locamente de Mahiro y se obliga a entrar en su casa, para su disgusto. Además, pronto se les unen otros dos del universo ficticio: Cthuko, una chica obsesionada con Nyaruko, y Hasuta, un joven que se confunde fácilmente con una hermosa mujer. Juntos, los tres excéntricos alienígenas protegen a Mahiro de los diversos peligros extraterrestres que amenazan tanto su bienestar como el de la Tierra, al tiempo que hacen de su vida un infierno.