Misaki Takahashi es un estudiante de secundaria que se prepara para sus exámenes de ingreso a la universidad. Para reducir el estrés de estudiar, o eso espera, acepta la ayuda del mejor amigo de su hermano mayor, y famoso autor, Akihiko Usami. Sin embargo, Masaki está a punto de descubrir que los libros de Usami son de un género muy travieso, y que puede haber algo travieso despertando dentro de Masaki también. Junjou Romantica también sigue la historia de otras dos parejas vagamente conectadas con "Romantica" de Masaki y Usami. Egoísta muestra la muy apasionada, pero a menudo complicada, relación entre el profesor universitario Hiroki Kamijou (cuya vida ha llegado a su punto más bajo) y el pediatra Nowaki Kusama, que se enamora de Hiroki a primera vista y haría cualquier cosa para hacerlo feliz. La tercera historia, "Terrorista", muestra lo obsesivo que puede llegar a ser el amor cuando el joven rico de dieciocho años Shinobu Takatsuki descubre finalmente algo que no puede tener tan fácilmente: el profesor de literatura You Miyagi. La pasión abunda cuando estas tres parejas intentan alcanzar sus objetivos en la vida, al tiempo que caen en la tentación y la angustia con sus parejas.