Cuando Kanako Miyamae se transfirió a una nueva escuela sólo para chicas, esperaba encontrar el verdadero amor. Lo que encontró fue a la hermosa Mariya Shidou, una encantadora compañera de clase que Kanako conoció en su primer día. Pero Mariya tiene un defecto: ¡es un chico travestido! Después de descubrir el secreto de Mariya y quedarse atrapada con él como su compañera de cuarto, la vida de Kanako se ha convertido en una serie de desgracias. Todo lo que quiere es encontrar a la chica de sus sueños, lo cual es difícil de hacer con la intromisión de la sádica Mariya y su aguda criada Matsurika Shinouji. Maria†Holic Alive continúa la historia de Kanako mientras se ocupa de ser la compañera de habitación de Mariya y pretende encontrar el verdadero amor, mientras aguanta el propio instituto.