Un año y medio después de los acontecimientos del thriller psicológico original de ciencia ficción, Akane Tsunemori continúa su trabajo como inspectora, haciendo cumplir los juicios del Sistema Sibila. Junto a ella están los nuevos agentes y el inspector junior Mika Shimotsuki, una joven mujer ciega e inflexiblemente leal a Sibyl. Mientras Akane reflexiona sobre la naturaleza de su trabajo y la legitimidad de los veredictos de Sibyl, surge una nueva y preocupante amenaza. Una misteriosa figura ha descubierto una forma de controlar el Coeficiente de Crimen - un número compilado a partir de escáneres mentales que permite a Sibyl medir la salud psicológica e identificar a criminales potenciales. A través de estos medios, es capaz de asesinar a un ejecutor, dejando tras de sí una pista críptica: "WC?" garabateado en sangre en una pared. Akane y el resto de la División 1 pronto se encuentran jugando un juego mortal contra su nuevo enemigo, enfrentándose cara a cara con una conspiración que amenaza no sólo la autoridad del Sistema Sibila, sino también el fundamento mismo de las propias convicciones de Akane.