El Alzano Empire es el hogar de una de las escuelas de magia más distinguidas del mundo: la Academia de Magia Imperial de Alzano. Aquí, jóvenes estudiantes ambiciosos reciben capacitación para convertirse en magos competentes. Sistine Fibel, una niña noble severa, y su mejor amiga de ojos brillantes, Rumia Tingel, asisten a la Academia, decididas a cultivar sus habilidades mágicas. Sin embargo, su mundo se vuelve loco cuando su maestro favorito se retira repentinamente y los enigmáticos Glenn Radars lo reemplazan. Su actitud perezosa e indiferente hacia la vida y la magia rápidamente lo pone en desacuerdo con su clase. Además, las fuerzas nefastas ocultas dentro de los muros del imperio comienzan a activarse, y Sistine, Rumia y Glenn se ven atrapadas en sus planes. Rokudenashi Majutsu Koushi a Akashic Records sigue a Sistine, que está cautivada por un misterioso Sky Castle flotante; Rumia, atormentada por un pasado problemático; y Glenn, que puede ser más de lo que parece. Aunque completamente diferentes en la superficie, están inexplicablemente unidos por un hilo del destino.