La segunda etapa de la batalla real conocida como el Plan Sekirei está en marcha. Tokio ha sido cerrado; ningún Sekirei o Ashikabi pueden irse. Minato Sahashi y su harén de Sekirei ahora deben prepararse para pelear nuevas batallas a medida que se implementan cambios en las reglas. Sin embargo, no todos los grupos volverán a la batalla: algunos Sekirei son muy amados por sus socios Ashikabi, quienes prefieren perder el premio antes que verlos perecer. En medio de la acción, alguien cercano a Minato puede estar más involucrado de lo que jamás había imaginado, y las amenazas acechan en cada esquina. Incluso hay rumores de que los "Números Individuales", el tipo más poderoso de Sekirei, han entrado en la refriega. A los ojos del "Game Master" Minaka Hiroto, todo está procediendo de acuerdo al plan.