Shiki Toono sufrió una lesión que puso en peligro su vida cuando era niño, y debido a ese incidente fue enviado fuera de la casa de los Toono y entregado a un pariente para que lo criara. Años más tarde, cuando Shiki está en la escuela secundaria, el jefe del hogar Toono, su padre, muere, y su hermana Akiha, que es la nueva jefa de la casa, le ordena que vuelva a vivir allí. Sin embargo, Shiki guarda un gran secreto. Desde esa lesión, ha estado viendo líneas en los objetos, y sólo con un par de gafas especiales es capaz de dejar de verlas. También es incapaz de recordar nada bien de la época anterior a su accidente. El día que regresa a la casa de los Toono es el día en que se encuentra con una mujer llamada Arcueid Brunstud y la decapita con una puñalada de su cuchillo en un ataque temporal de locura. Cuando ella de repente aparece a su lado, viva y bien, y le pide que sea su guardaespaldas, comienza el viaje de Shiki para desentrañar los misterios de su pasado.