El Traductor del Alma es una interfaz de inmersión completa de última generación que interactúa con el Fluctlight del usuario -el equivalente tecnológico del alma humana- y difiere fundamentalmente del método ortodoxo de enviar señales al cerebro. El instituto privado Rath pretende perfeccionar su creación con la ayuda del superviviente de Sword Art Online Kazuto Kirigaya. Trabaja allí como empleado a tiempo parcial para probar las capacidades del sistema en el Inframundo: el reino fantástico generado por el Traductor de Almas. Según el contrato de confidencialidad, cualquier memoria creada por la máquina en el mundo virtual se borra al regresar al mundo real. Kazuto sólo puede recordar vagamente un único nombre, Alice, lo que provoca una sensación de malestar cuando se menciona en la realidad. Cuando Kazuto acompaña a Asuna Yuuki a su casa una noche, se encuentran con un enemigo conocido. Kazuto resulta mortalmente herido en la lucha que se desarrolla a continuación y pierde el conocimiento. Cuando recobra el conocimiento, descubre que se ha adentrado de lleno en el inframundo y que aparentemente no tiene forma de escapar. Se embarca en una búsqueda, buscando un camino de vuelta al mundo físico una vez más.