A pesar de la derrota de Quinella -el pontífice de la Iglesia del Axiom- las cosas no parecen haberse calmado todavía. Al contactar con el mundo real, Kazuto "Kirito" Kirigaya descubre que la Tortuga Marina -una mega-flotación controlada por Rata- fue atacada. Debido a un repentino cortocircuito causado por los invasores, el foco de Kirito queda dañado, dejándolo en coma. Sintiéndose insegura por la gente de la Iglesia Axiom, Alice lleva al inconsciente de Kirito de vuelta a su pueblo natal, Rulid Village, haciendo caso omiso de su destierro debido a un crimen no resuelto. Ahora, Alice vive una vida ordinaria y pacífica cerca del pueblo, deseando que Kirito despierte. Sin embargo, la tragedia golpea cuando Alice se da cuenta de que el Territorio Oscuro ya ha empezado a invadir el Imperio Humano. Retomando su anterior alias, Alice Synthesis Thirty, promete derrotar al Territorio Oscuro para defender el mundo que Kirito y Eugeo se esforzaron tanto en proteger.