Haruka y Sora Kasugano vuelven a casa, a un lugar lleno de recuerdos. Habiendo perdido a sus padres en un trágico accidente de coche, los gemelos deciden volver al campo y empezar de nuevo la vida en casa de su abuelo, el lugar es un constante recuerdo de momentos de su pasado. Los saludan sus amigos de la infancia Nao Yorihime y Akira Amatsume, y la recién llegada Kazuha Migiwa. Es una cálida bienvenida, símbolo de los días que deben llegar. Su paz es meramente efímera, sin embargo, cuando las emociones reprimidas, nacidas de los votos recién encontrados y olvidados, empiezan a ejercer su influencia en las nuevas vidas de los gemelos. Y en el fondo, un oscuro secreto, sólo conocido por ellos, comienza a desenredarse. Basada en la novela visual de Esfera, Yosuga no Sora no sólo explora el poder de los recuerdos perdidos y el amor verdadero cuando los lazos de muchos se entrelazan, sino que también plantea las cuestiones de moralidad y aceptación social.