La historia comienza con un enfrentamiento entre dos héroes rivales, ZET y ALPHAS, y luego rastrea sus orígenes: Jin Kanzaki, un joven con la capacidad de transformarse en un ser sobrehumano conocido como ZET, y Kouga Amagi, un joven con un fuerte sentido de la justicia que usa la tecnología para luchar como ALPHAS. El destino de estos dos hombres y los que los rodean se entrelazan mientras luchan para proteger a la humanidad y destruir monstruosas abominaciones conocidas como Jugadores.