En el año 2066, la República de Hontworl, miembro fundador de las Naciones Unidas, abandona la organización sin explicar sus motivos. Esto causa un escándalo dentro de la ONU y pone en peligro la seguridad del mundo. Poco después de este incidente, Myori, la capital de la República de la Tríada, es atacada por una fortaleza voladora parecida a un pájaro conocida como el Rey Tortuga. La Organización Internacional de la Ciencia, dirigida por el Dr. Kouzaburou Nanbu, tiene la tarea de ocuparse de este misterioso enemigo. Al mismo tiempo, los principales científicos de la ISO están desapareciendo. Los cinco miembros del Equipo Ninja de la Ciencia, los guerreros Gatchaman, son llamados a llegar al fondo de las cosas. Han pasado años desde que el equipo luchó contra Berg Katze y la infame organización Galactor. ¿Podrá Ken, también conocido como el Águila, seguir liderando a su equipo hasta la victoria contra esta suprema fuerza del mal?